Phẫu thuật là phương pháp được áp dụng chủ yếu hiện nay trong việc điều trị rò hậu môn. Trong trường hợp rò hậu môn được xác định là một tình trạng của ung thư tiêu hóa, bác sĩ cần hội chẩn để lựa chọn các phương pháp điều trị tối ưu nhất dựa trên loại ung thư cụ thể mà người bệnh đang mắc phải, ví dụ như ung thư hậu môn hoặc ung thư trực tràng…

Nếu rò hậu môn không phải do ung thư tiêu hóa, bác sĩ có thể chỉ định cho bệnh nhân phẫu thuật ngay. Ngoài ra, sau khi phẫu thuật, người bệnh có thể ngâm mình trong bồn nước ấm để làm giảm triệu chứng đau, đồng thời dùng thuốc làm mềm phân để dễ đại tiện.

Ngoài phẫu thuật cắt đường rò bệnh nhân có thể chọn lựa điều trị bằng tia laser. Với phương pháp này, bác sĩ cho một đầu phát tia laser nhỏ vào đường rò và đốt nó, giúp lành vết thương. Bệnh nhân cần khám bác sĩ để tư vấn lựa chọn phương pháp nào phù hợp.