Nứt kẽ hậu môn cũng có nguy cơ dẫn đến một số biến chứng nghiêm trọng nếu không được phát hiện, chẩn đoán và điều trị kịp thời. Cụ thể bao gồm:

• Không thể chữa lành: Vết nứt hậu môn nếu không được chữa lành trong vòng 6 – 8 tuần trở lại có thể tiến triển thành mãn tính, đòi hỏi quá trình điều trị phức tạp.
• Tái phát: Nứt kẽ hậu môn có nguy cơ tái phát cao, nếu từng có tiền sử trước đó, người bệnh rất dễ gặp phải vết nứt mới.
• Vết rách kéo dài đến các cơ xung quanh: Vết nứt trên hậu môn có thể mở rộng đến cơ vòng bên trong khiến quá trình chữa lành càng thêm khó khăn.

​