Vết nứt thường xuất hiện do chấn thương ở ống hậu môn, xuất phát từ các nhóm nguyên nhân như:

• Táo bón mãn tính.
• Phân có kích thước lớn, cứng và khô, khiến đại tiện gặp khó khăn.
• Tiêu chảy kéo dài.
• Quan hệ tình dục qua đường hậu môn dẫn đến căng da hậu môn.
• Đưa vật lạ vào hậu môn.

Các nguyên nhân khác ngoài chấn thương bao gồm:

• Cơ thắt hậu môn ở trong trạng thái co cứng hoặc quá căng hoặc co cứng.
• Sẹo xuất hiện ở vùng hậu môn trực tràng (thường gặp sau điều trị trĩ).
• Các vấn đề bệnh lý tiềm ẩn: bệnh Crohn, viêm loét đại tràng, ung thư hậu môn, bệnh bạch cầu, bệnh truyền nhiễm (chẳng hạn như bệnh lao), các bệnh lây truyền qua đường tình dục (giang mai, lậu, Chlamydia, HIV…).
• Giảm lưu lượng máu đến vùng hậu môn trực tràng.
• Sinh con.

Các yếu tố nguy cơ:

• Tuổi tác: Nứt kẽ hậu môn có thể xảy ra ở mọi lứa tuổi nhưng phổ biến nhất là trẻ nhỏ và người trưởng thành trong giai đoạn từ 20 – 40 tuổi.
• Táo bón: Đi đại tiện phân khô cứng kéo dài sẽ làm tăng nguy cơ gây rách hậu môn.
• Phụ nữ sau khi sinh.
• Người mắc bệnh Crohn: Bệnh Crohn gây ra tình trạng viêm đường ruột mạn tính, làm cho niêm mạc của ống hậu môn dễ bị rách.
• Quan hệ tình dục qua đường hậu môn.